À moins que votre application n'ait besoin d'accéder au dossier des fichiers du programme (qui a (x86)
lors de l'installation d'applications 32 bits sur Windows 64 bits), je ne pense pas qu'il y ait de différences qui affectent le code ASP.NET de base.
Il peut y avoir des différences entre SQL 2005 et 2008 qui vous affectent, mais d'après ce que j'ai entendu, la mise à niveau est beaucoup moins perturbante que celle de 2000 à 2005. Vous pouvez toujours essayer google si vous êtes vraiment inquiet.
Même si vous finissez par installer une version 32 bits de SQL Server sur un Windows 64 bits (ce que je ne recommande pas), cela fonctionnera probablement bien.