La commande que vous cherchez est
VBoxManage startvm "NomDeLaMachineVirtuelle"
Cela suppose que le logiciel est installé et que vos machines virtuelles sont dans le bon répertoire.
Pour le démarrer au démarrage, vous pourriez faire quelque chose comme un script init.d. Vous pouvez le faire en copiant l'un des scripts existants, en l'éditant à votre guise (vous voudrez peut-être également ajouter une fonction d'arrêt/extinction pour éteindre la VM avant d'éteindre la machine hôte), puis l'enregistrer avec le système d'exploitation en utilisant la commande
update-rc.d VMControl defaults
Cela suppose que votre fichier est situé dans /etc/init.d/VMControl, et que vous l'avez rendu exécutable (chmod 775 ./VMControl).
J'espère que cela vous aidera.