Les fichiers se terminant par tilda ~ sont généralement des fichiers temporaires, probablement laissés par un éditeur. Cela dépend donc du logiciel
Les fichiers qui commencent par un point . sont des fichiers cachés par conception UNIX (et linux).
Le but des fichiers temporaires est de vous donner une sauvegarde en cas de crash de votre éditeur qui peut mettre le fichier édité dans une condition imprévisible. Si vous êtes sûr de l'état du fichier édité, vous pouvez sauvegarder les fichiers temporaires à distance.
Le but des fichiers cachés est (évidemment) de cacher certains fichiers de la "première/rapide" vue des fichiers dans un répertoire particulier. Habituellement, ils conservent certaines configurations. La même chose (point comme premier symbole dans le nom) est vraie pour les répertoires. En général, il est sage de ne pas toucher aux fichiers cachés sauf si vous savez exactement ce que vous voulez accomplir.