Grep pattern à partir d'un fichier

Question

Grep pattern à partir d'un fichier

Demandé el 5 de Juin, 2019: Quand la question a-t-elle été
422 affichage: Nombre de visites la question a
2 Réponses: Nombre de réponses aux questions
Ouvert: Situation réelle de la question

J'ai deux fichiers.

Dossier 1

Als  
Mmp  
Ggt1

Fichier2 (séparé par des tabulations)

cy3 cy5 ID GeneName Zscore  
18 18 NM23XX Als 2.34886  
456 487 NM375FG Rac 0.898549

Je veux grep la liste du fichier 1 dans le fichier 2. Je veux que le retour soit quelque chose comme :

18 18 NM23XX Als 2.34886

J'ai utilisé

grep -f file1 file2

mais le retour est le fichier entier avec les correspondances surlignées en rouge. Je ne veux que les lignes correspondantes. J'ai également essayé

grep -x -f file1 file2

Et il n'y a pas eu de retour. Qu'est-ce que je peux faire ?

Demandé el 5 de Juin, 2019 par Erandi Velázquez Miranda

Answer 1

2 Réponses

Answer 2

0voto

SHawarden Points 748

for gene in $(cat file1); do cat file2 | grep $gene; done
18      18      NM23XX  Als     2.34886

Répondu el 6 de Juin, 2019 par SHawarden (748 Points )

Answer 3

0voto

Ray Butterworth Points 1169

Vous semblez faire ce qu'il faut :

$ cat f1
Als
Mmp
Ggt1

$ cat f2
cy3 cy5 ID GeneName Zscore  
18 18 NM23XX Als 2.34886  
456 487 NM375FG Rac 0.898549 

$ grep  -f f1  f2
18 18 NM23XX Als 2.34886  

$ grep --version
grep (GNU grep) 3.1
...

Peut-être que votre fichier f1 a des espaces à la fin de la ligne "Als" ?

Répondu el 6 de Juin, 2019 par Ray Butterworth (1169 Points )

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