Si vous êtes connecté en tant que root, vous pouvez facilement effacer des répertoires ou faire quelque chose qui, rétrospectivement, est vraiment stupide sur le système en un tour de main, alors qu'en tant qu'utilisateur, vous devez normalement consacrer quelques cycles mentaux supplémentaires à ce que vous tapez avant de faire quelque chose qui est dangereux.
De même, tout programme que vous exécutez en tant que root dispose de privilèges root, ce qui signifie que si quelqu'un ou quelque chose vous amène à exécuter/compiler/naviguer sur un site web dangereux qui veut endommager votre système, comme un cheval de Troie ou un autre logiciel malveillant, il a un accès total à votre système et peut faire ce qu'il veut, y compris accéder aux ports TCP inférieurs à 1024 (ce qui lui permet de transformer votre système en un remailer à votre insu, par exemple).
En fait, vous vous exposez à des problèmes que la connexion en votre nom peut éviter. J'ai connu beaucoup de gens qui ont fini par être heureux d'avoir ce filet de sécurité dans un moment d'imprudence.
EDIT : Il y a aussi le problème de root qui est le plus connu, donc une cible facile, pour les scripts et les hacks. Les systèmes qui désactivent le compte et forcent plutôt les utilisateurs à utiliser sudo signifient que toute tentative de craquer root à partir de ssh ou d'un exploit local sur le compte se cogne la tête contre un mur. Ils devront deviner/cracker un mot de passe. y le nom d'utilisateur. C'est une sécurité par l'obscurité jusqu'à un certain point, mais il est difficile d'argumenter qu'elle ne déjoue pas la plupart des attaques de script.