En supposant que le nouveau OS puisse voir et accéder au disque zéro, alors vous ne devriez pas avoir à faire quoi que ce soit avec la partition système EFI, sauf éventuellement l'agrandir (si vous utilisez Linux, il est probablement déjà assez grand, mais ce n'est peut-être pas le cas si c'est Windows sur le disque zéro). L'installateur du nouveau OS devrait le voir et l'utiliser par défaut, et les choses devraient fonctionner simplement.
Cependant, cette configuration comporte des inconvénients, notamment le fait que si le disque zéro est retiré du système, ce nouveau OS sur le disque un ne pourra pas démarrer (car il n'y aura plus de partition système EFI). Vous pouvez éviter cela en créant une deuxième partition système EFI sur le disque un, mais cela apporte ses propres problèmes, à savoir que le firmware pourrait simplement l'ignorer et ne regarder que l'ESP sur le disque 0 (ce qui est techniquement un comportement incorrect selon la spécification EFI, mais j'ai vu plusieurs implémentations se comporter de cette manière).