Évidemment, si vous n'avez pas l'intention de démarrer le disque dur qui serait en NTFS avec un système d'exploitation Windows, sauvegardez/reformatez-le en ext3 ou en ext4 et restaurez son contenu. C'est votre meilleure option en termes de fonctionnalité et de performances pour le journaling sous Linux.
Si, à un moment ultérieur, vous découvrez que vous avez besoin d'accéder au contenu de votre système de fichiers ext3 ou ext4 sous Windows, sachez qu'il est possible de lire/écrire sur des volumes ext3/4 à partir de Windows XP et ultérieurs, avec des défauts et des pics importants d'utilisation du processeur imprévisibles, d'après mon expérience. Utilisez simplement l'extension Windows Ext2Fsd à vos risques et périls pour vos données, avec certaines limitations pour ext4 par rapport à ext3.
Oui, NTFS est inconnu de Linux (comme tout le monde l'a déjà souligné ici), cependant je ne vois pas pourquoi vous ne pourriez pas l'utiliser si vous prévoyez de brancher ce disque dur sur un système d'exploitation Windows à un moment donné.
1) Pour garantir une lecture/écriture correcte, la gestion des liens durs et symboliques ainsi que le journalisation partielle sont correctement gérés par Lx, installez ntfs-3g depuis le dépôt Canonical, avant de redémarrer et de monter votre volume ntfs. C'est parfaitement sûr d'après mon expérience. La ligne fstab pour ce montage devrait ressembler à :
UUID=____________ /mnt/[nom-du-volume] ntfs-3g rw,user,auto,nofail,umask=0002,uid=1000,locale=en_US.UTF-8,x-gvfs-show,x-gvfs-name=[nom-du-volume] 0 0
changez umask et uid en conséquence.
Un inconvénient cependant : vous pourriez rencontrer des difficultés pour définir les permissions utilisateur pour tout ce qui est enregistré sur ce volume. NTFS est plutôt simpliste en ce qui concerne les permissions utilisateur en général.
2) Défragmentation ; Il a été dit en 2011 que "shake" permettait de défragmenter des systèmes de fichiers NTFS montés sur Lx. Ce n'est pas vrai, apparemment, comme l'ont souligné ces réponses sur AU : Défragmenter des partitions NTFS depuis Linux.
D'autres possibilités sont soit d'utiliser un système d'exploitation Windows pour défragmenter votre volume avant de le monter sur votre système d'exploitation Lx (pas très satisfaisant), soit d'utiliser "ultradefrag". Une autre option est d'opter pour un SSD prêt pour le TRIM pour votre système de fichiers NTFS. Dans ce dernier cas, vous n'aurez jamais besoin de défragmentation. Jamais.