J'utilise principalement /home/$site-owning-user/foo.bar.com/(htdocs|logs)
car les sites hébergés par mes serveurs sont contrôlés par les utilisateurs ; ou /home/$site-owning-group/...
si plusieurs utilisateurs contrôlent un site. Cela permet de garder tous les fichiers d'un utilisateur ensemble pour faciliter la sauvegarde, le contrôle et autres.
Pour les sites non contrôlés par les utilisateurs (par exemple, les applications Web installées par l'administrateur système à partir de paquets), /srv
est probablement plus logique