J'étais dans une situation similaire : serveur dédié entièrement géré, LAMP, CentOS. Puis nous avons décidé de passer à EC2. En outre, j'avais très peu d'expérience en matière d'administration de systèmes ou de Linux. Je n'ai presque aucune expérience avec Ubuntu, donc je ne peux vraiment pas parler de ce qui est le soi-disant meilleur système d'exploitation.
J'ai essayé plusieurs AMI préconstruites avec une installation minimale du système d'exploitation de Rightscale, Alestic, Scalr et Amazon. J'ai fini par construire toutes mes propres AMI au-dessus d'Amazon Linux, d'abord en utilisant la version 2010.11.01, maintenant j'ai migré toutes mes AMI personnalisées vers Amazon Linux version 2011.03.01.
La décision d'opter pour une AMI Amazon Linux plutôt que pour les autres fournisseurs d'AMI n'a pas été facile à prendre. J'ai joué et testé différentes configurations pendant près d'un mois avant de prendre ma décision finale. En fin de compte, comme je voulais utiliser CentOS, la décision s'est résumée à une seule chose. Je me suis dit qu'il n'y avait personne de mieux placé pour savoir quelles dépendances liées au matériel devaient être incluses dans le système d'exploitation que les personnes qui ont conçu, construit et maintenu EC2. Rien contre Rightscale, Scalr ou Alestic.
Six mois plus tard, même si j'ai rencontré quelques difficultés, le système Linux d'Amazon est resté assez stable. Cependant, j'ai décidé de compiler certains des logiciels que nous utilisons à partir des sources (par exemple php 5.3, MySQL 5.5, etc.) car j'ai rencontré des problèmes avec les paquets pré-construits qu'Amazon maintenait dans son dépôt de paquets.