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Comment remplacer et modifier le contenu d'un fichier ?

Demandé el 10 de Mai, 2019
Quand la question a-t-elle été
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Résolu
Situation réelle de la question

J'ai un fichier qui contient le contenu suivant :

set0027:
set0027_100-250
set0027_1-150
set0027_50-200

set0038:
set0038_100-250
set0038_1-150
set0038_50-200

Je veux le modifier de la manière suivante :

cd set0027
clustalw INFILE=set0027_100-250 OUTFILE=set0027_100-250.aln
clustalw INFILE=set0027_1-150 OUTFILE=set0027_1-150.aln
clustalw INFILE=set0027_50-200 OUTFILE=set0027_50-200.aln
cd ..
cd set0038
clustalw INFILE=set0038_100-250 OUTFILE=set0038_100-250.aln
clustalw INFILE=set0038_1-150 OUTFILE=set0038_1-150.aln
clustalw INFILE=set0038_50-200 OUTFILE=set0038_50-200.aln
cd ..

Comment puis-je faire cela en utilisant bash script ?

Demandé el 10 de Mai, 2019 par Mendel

Réponse

Trop de publicités?

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Essex Boy avatar
Essex Boy Points 146

Quelque chose comme ceci fonctionnera :

$ perl -npe 's/(.*):/cd \1/; s/^(set.*)/clustalw INFILE=\1 OUTFILE=\1.aln/; s/^\s+/cd ..\n/;' file
cd set0027
clustalw INFILE=set0027_100-250 OUTFILE=set0027_100-250.aln
clustalw INFILE=set0027_1-150 OUTFILE=set0027_1-150.aln
clustalw INFILE=set0027_50-200 OUTFILE=set0027_50-200.aln
cd ..
cd set0038
clustalw INFILE=set0038_100-250 OUTFILE=set0038_100-250.aln
clustalw INFILE=set0038_1-150 OUTFILE=set0038_1-150.aln
clustalw INFILE=set0038_50-200 OUTFILE=set0038_50-200.aln

utilise les options de la ligne de commande

-n implicit loop
-e execute perl inline
-p print line
Répondu el 10 de Mai, 2019 par Essex Boy (146 Points )

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