Par rapport à une installation classique, une installation Wubi présente certaines limites. L'hibernation n'est pas prise en charge et le système de fichiers est plus vulnérable aux redémarrages brusques. De plus, si le lecteur Windows est démonté sans précaution (le plus souvent à cause d'un crash de Windows), Ubuntu ne pourra pas monter le lecteur Windows et démarrer tant que Windows n'aura pas réussi à démarrer et à s'éteindre. Si le système Windows ne peut pas être démarré après le crash, l'utilisateur ne peut pas non plus démarrer Ubuntu.

Les performances liées à l'accès au disque dur sont également légèrement plus lentes, surtout si le fichier image du disque est fragmenté, sur une installation Wubi par rapport à une installation normale.

Ce n'est pas la clé, mais une différence minuscule : sans aucune modification, une installation Wubi laissera Windows comme démarrage par défaut (donc si vous appuyez sur le bouton d'alimentation et que vous partez, vous aurez Windows), une installation normale laissera Ubuntu par défaut. Pour cette raison et pour le problème mentionné ci-dessus, je vois généralement les choses de cette façon.
Si vous êtes un utilisateur de Windows et que vous voulez jouer avec Ubuntu à l'occasion ou voir si vous l'aimez plus qu'un LiveCD, je vous recommande Wubi.
Quelqu'un qui est fatigué de Windows mais qui peut avoir besoin d'accéder à un vieux programme pour quelque chose d'important à un moment quelconque dans le futur, alors réduisez la partition Windows et faites-en une boîte Ubuntu.

Un grand avantage de Wubi pour un nouvel utilisateur qui cherche à le tester, est qu'il s'installe et se désinstalle comme n'importe quel autre programme Windows via les programmes d'ajout/suppression... Mais il fonctionne beaucoup mieux que s'il était lancé à partir d'un disque vivant... Un peu comme le meilleur des deux mondes...

Évidemment, la meilleure solution à long terme est le double démarrage, si vous avez l'espace disque nécessaire, mais si vous voulez juste le tester, voir s'il fonctionne bien sur votre ordinateur ou l'installer à court terme, alors Wubi répondra à vos besoins...

Phoronix a publié un décent article sur l'impact sur les performances de l'exécution d'Ubuntu en tant qu'installation WUBI.

Les résultats les plus intéressants proviennent des benchmarks de disque et de base de données, où l'installation WUBI semble surpasser l'installation standard, parfois par un facteur de 24( !) Il est dommage que l'article ne tente pas d'expliquer cet énorme écart de performance, mais l'un des commentateurs de la discussion de l'article propose un explication plausible . La citation pertinente est reproduite ci-dessous :

Lorsque linux est installé "au-dessus" de quelque chose, les écritures nécessitant une fsync (synchronisation avec le disque) sont mises en cache au lieu d'être effectuées. cette opération est très lente, et utilisée pour chaque transaction dans les bases de données telles que postgresql ou sqlite, à moins qu'elle ne soit désactivée (et elle ne l'est pas).

Pour résumer les résultats de cet article :

• L'exécution d'Ubuntu en tant qu'installation WUBI entraîne une légère baisse des performances.
• N'exécutez pas de bases de données critiques sur une installation WUBI, car fsync ne vide pas les données sur le disque et les laisse en cache. Cela améliore considérablement les performances au détriment de la fiabilité. Cela ne devrait pas avoir d'impact sur les applications normales.

Le plus grand avantage de WUBI est que vous pouvez facilement désinstaller Ubuntu si vous décidez finalement que ce n'est pas pour vous.