Je ne connais aucune solution préexistante, mais vous pouvez le faire avec netfilter en utilisant l'extension de correspondance 'owner', même si vous devrez probablement jouer un peu avec conntrack pour attraper et prendre en compte les paquets entrants (et vous manquerez les paquets de configuration de la connexion initiale, car ils ne sont pas gérés par un processus en userspace). J'imagine qu'une solution sans filtre réseau serait également possible (à la ntop et autres) mais elle deviendrait certainement très vite laide et gourmande en ressources CPU.
Honnêtement, cependant, j'ai de sérieux doutes sur le fait que vous résolviez le bon problème. Il est préférable de comptabiliser le trafic par utilisateur en analysant les journaux au niveau du serveur (Apache, MTA, serveur POP/IMAP, etc.) et de comptabiliser/facturer sur cette base (avec une surcharge appropriée pour les bits qu'ils ne captent pas, comme le DNS). Essayer de tout relier à un utilisateur ne donnera certainement pas les résultats escomptés.
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Il semble que ce soit la meilleure façon de procéder : siphon9.net/loune/2009/07/