Oui. Tant que vous réinstallez Windows, assurez-vous (dans l'écran de sélection des partitions) de ne pas toucher à votre disque secondaire. L'installation de Windows ne formatera que la partition cible.
Comme toujours avec les problèmes de données, ne faites pas cela à la hâte, assurez-vous de bien vérifier avant d'appuyer sur les boutons de confirmation et sachez ce qui va se passer.
Pour être encore plus sûr, vous pouvez bien sûr retirer votre disque dur secondaire (en l'éteignant, bien sûr :) ). Ainsi, il n'y a aucun risque que l'installation de Windows l'efface.