Le fichier dot, comme tout répertoire, contient une liste de noms pour les fichiers de ce répertoire et leurs numéros d'inode. Donc, si vous aviez beaucoup de fichiers dans ce répertoire (ce qui n'est pas improbable pour un répertoire "tmp"), l'entrée du répertoire aurait atteint cette taille.
Une fois que les fichiers ont disparu, le système de fichiers ne réduit pas automatiquement le fichier du répertoire à nouveau.
Vous pouvez expérimenter cela vous-même en créant un nouveau répertoire vide, en faisant ls -la dedans pour voir la taille initiale (4096 sur ma machine) puis en touchant beaucoup de fichiers, ce qui fera augmenter la taille du répertoire.
(Oui, je sais que je passe sous silence ou que je suis inexact sur de nombreux détails ici. Mais le PO n'a pas demandé une explication complète du fonctionnement des systèmes de fichiers EXT*).