Sur un système basé sur Red Hat, vous pouvez utiliser
chkconfig httpd off
chkconfig httpd --del
pour supprimer le serveur des niveaux d'exécution
sur les systèmes basés sur Debian, tous les services sont censés être lancés par les fichiers trouvés dans les répertoires /etc/rc ?.d/. ces fichiers ont ensuite un lien symbolique vers les fichiers correspondants dans le répertoire /etc/init.d/. Si vous souhaitez qu'un service ne soit pas démarré par défaut, vous pouvez le renommer/supprimer du répertoire /etc/rc ?.d et votre changement sera préservé lors de la mise à jour du paquet tant que l'un des liens de démarrage apparaîtra dans l'un des autres répertoires (3, 4 et 5). Ou vous pouvez utiliser la commande update-rc.d pour changer le(s) lien(s) et si vous voulez démarrer le service après, vous pouvez utiliser /etc/init.d/service_name start si vous laissez le start à la fin, cela vous donnera les options qui peuvent être utilisées comme stop, restart, reload ...
Je pense que vous pouvez utiliser sysv-rc-conf pour le désactiver.