J'ai remarqué le même problème après des mises à jour logicielles vers Mac OS 10.9.5.
Si quelqu'un a déjà mentionné cette approche, je m'excuse de la répéter.
J'ai des messages à la fois "sur mon Mac" (messages que je sauvegarde directement sur mon disque dur) et sur mon compte MS Exchange sur le serveur. Une partie de la confusion vient du fait que les messages "Sur mon Mac" ne sont pas affichés lorsque vous utilisez "Obtenir des informations". Seuls les messages qui se trouvent sur le serveur sont affichés.
Pour voir combien de messages se trouvent dans un sous-dossier donné du dossier "Sur mon Mac" : Une solution simple consiste à s'assurer que vos dossiers sont affichés dans votre fenêtre de messagerie (VIEW--->Show mailbox list). Ensuite, sélectionnez le dossier que vous voulez dans la liste et sélectionnez tous les e-mails dans ce dossier. Regardez ensuite l'information la plus haute dans la fenêtre de messagerie. Elle doit comporter le nom du dossier de la boîte aux lettres/des e-mails de ce dossier que vous avez sélectionné, ainsi que le nombre total d'e-mails qu'il contient.