Avez-vous essayé de l'ajouter aux applications de démarrage (recherchez "applications de démarrage")
Si vous l'avez fait, essayez d'ajouter un fichier .desktop dans /etc/xdg/autostart/
Vous pouvez le faire avec la commande suivante
sudo ln -s /usr/share/applications/guake.desktop /etc/xdg/autostart/
Ceci n'est qu'un exemple, je ne sais pas comment le fichier .desktop de guake est nommé mais vous pouvez facilement le trouver en regardant dans le répertoire : /usr/share/applications/
Si par hasard cela ne fonctionne pas non plus, alors il y a une autre solution que vous pourriez essayer en ajoutant la commande suivante aux applications de démarrage
bash -c "sleep 10 && guake"
Si cela ne fonctionne pas, essayez de varier le temps de sommeil car cela dépend de la vitesse de votre système mais généralement 10 secondes fonctionneront très bien.