En quelque sorte - cacao est l'API moderne pour les applications plus récentes, et au moins avec les dernières versions d'OS X, l'API préférée.
Carbone est une API ancienne, utilisée dans OS 8 et 9 et dépréciée avec la prochaine version d'OS X 10.8 Mountain Lion . Certaines applications pour OS X ont cependant continué à utiliser l'API carbon jusqu'à récemment - wikipedia indique que les anciennes versions de photoshop, itunes et final cut étaient codées avec carbon, bien que les versions modernes soient basées sur cocoa.
En tant que développeur, vous devriez utiliser cocoa plutôt que carbon, car cocoa supporte les 64 bits et n'est pas obsolète. Dans ce cas, choisir cocoa plutôt que carbon est une bonne idée.
En tant qu'utilisateur, cela devrait être transparent pour vous, mais vous utiliserez l'API utilisée par votre logiciel, à condition qu'elle soit prise en charge.
Je suppose cependant que la compilation pour l'un ou l'autre devrait fonctionner.