La version que vous avez indiquée pour Docky provient probablement du Dépôt des développeurs de Docky.
Comme les développeurs eux-mêmes le disent - ceci est instable - et ce que vous avez trouvé est un bug. Vous devriez rapporter cela comme un bug sur Launchpad.
Ma recommandation est que soit vous restiez avec la version de Docky disponible dans les dépôts - ou si vous cherchez quelque chose de plus récent mais "stable", alors envisagez d'installer depuis le Dépôt stable de Docky
Vous aurez besoin de ppa-purge
qui est disponible si vous cochez "Ubuntu Backports" dans les Sources de logiciels. Vous pouvez ensuite purger le dépôt de développement de docky
sudo apt-get install ppa-purge
sudo ppa-purge ppa:docky-core/ppa
Ensuite installez le PPA stable
sudo add-apt-repository ppa:docky-core/stable
sudo apt-get update
Ensuite vous pouvez épingler gnome-control-center