Vous devriez pouvoir le faire très simplement à partir des paramètres.
Ce guide le couvre assez bien :
https://help.ubuntu.com/stable/ubuntu-help/display-dual-monitors.html (Dernière version d'Ubuntu)
Pour avoir une vue d'ensemble, allez dans Paramètres du système, puis dans Affichage de l'écran, où vous pouvez activer et désactiver le moniteur. Assurez-vous de ne pas avoir coché la case "Affichage miroir".
J'espère que cela vous aidera.
Edit : Pour Ubuntu 16.04 - Copié de la documentation (n'est plus disponible) :
Pour configurer un moniteur externe avec votre ordinateur portable, connectez le moniteur à votre ordinateur portable. Si votre système ne le reconnaît pas immédiatement, ou si vous souhaitez ajuster les paramètres :
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Cliquez sur l'icône à l'extrême droite de la barre de menu et sélectionnez Système Paramètres.
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Affichage sur écran ouvert.
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Cliquez sur l'image du moniteur que vous souhaitez activer ou désactiver, puis mettez-le sous tension ou hors tension.
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Par défaut, le lanceur ne s'affiche que sur le moniteur principal. Pour changer le moniteur "principal", modifiez le moniteur dans la liste déroulante "Placement du lanceur". Vous pouvez également faire glisser le lanceur dans l'aperçu vers le moniteur que vous souhaitez définir comme moniteur "principal".
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Si vous voulez que le Lanceur s'affiche sur tous les moniteurs, changez le Placement du Lanceur en Tous les écrans.
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Pour modifier la "position" d'un moniteur, cliquez dessus et faites-le glisser jusqu'à la position souhaitée.
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Si vous souhaitez que les deux moniteurs affichent le même contenu, cochez la case Affichages en miroir.
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Lorsque vous êtes satisfait de vos paramètres, cliquez sur Appliquer, puis sur Conserver cette configuration.
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Pour fermer les écrans, cliquez sur le x dans le coin supérieur.