Nautilus ne voit pas d'espace libre mais GParted le voit

Les partitions ext[234] sont formatées par défaut avec un certain nombre de blocs réservés mis de côté qui ne peuvent être écrits que par root. Comme l'explique la page de manuel de mke2fs :

-m pourcentage-de-blocs-réservés
              Spécifie le pourcentage des blocs du système de fichiers réservés pour
              le super-utilisateur.  Cela permet d'éviter la fragmentation et de permettre
              aux démons gérés par root, tels que syslogd(8), de continuer à fonctionner
              correctement une fois que les processus non privilégiés sont empêchés
              d'écrire sur le système de fichiers. Le pourcentage par défaut est de 5%.

Vous noterez que 5% est exactement la quantité d'espace libre indiquée par gparted.

Vous pouvez consulter le nombre de blocs réservés en exécutant (en tant que root) tune2fs -l /dev/sda5, et l'ajuster avec tune2fs -m /dev/sda5. Cependant, je recommande fortement de ne pas le faire.

Comme l'explique la page de manuel, le comptage réservé est non seulement utilisé pour donner aux processus root un peu de "marge de manœuvre" (critique sur les partitions système), mais aussi pour réduire la fragmentation (particulièrement critique sur les partitions /home). Ce tampon de 5% fournit au système de fichiers des blocs de rechange qu'il peut utiliser pour écrire des fichiers de manière contiguë, plutôt que de devoir les fragmenter dans l'espace disponible dispersé sur tout le disque.

(Le comptage des blocs réservés est un pourcentage, plutôt qu'une liste ou une plage de blocs, car le système de fichiers n'est pas spécifiquement attaché aux blocs réservés. Il peut réorganiser les blocs libres selon les besoins, tant qu'un certain pourcentage est conservé réservé.)

Forcer le système de fichiers à utiliser ces derniers 5% d'espace vous donnera une maigre quantité de stockage supplémentaire, au prix d'une augmentation spectaculaire de la fragmentation de votre système de fichiers et de la dégradation des performances. Si vous devez réduire le pourcentage de blocs réservés pour gagner de l'espace, envisagez de le régler à 4% ou 3% plutôt que 0.