Pip ne détecte pas les packages installés par l'utilisateur après la mise à niveau du python du système?

Il devrait être assez facile de le faire si vous avez encore Python 3.5 :

$ pip3.5 list --user --format=freeze | xargs pip3.6 install --user

réinstallera tous les packages du site utilisateur pour Python 3.6. Les choses se compliquent un peu lorsque l'ancienne installation de Python n'est plus présente (donc pas de pip3.5 dans votre cas), mais ce n'est rien que vous ne puissiez gérer. Tout d'abord, vérifiez que le site utilisateur existe toujours pour que vous ayez quelque chose avec lequel travailler :

$ find ~/.local -type d -name "site-packages" | grep python3.5
/Users/hoefling/.local/lib/python3.5/site-packages

Utilisez maintenant pkg_resources pour lister les distributions disponibles dans ce site utilisateur :

$ find ~/.local -type d -name "site-packages" | grep python3.5 | xargs python3.6 -c "import pkg_resources, sys; print(' '.join((f'{pkg.project_name}=={pkg.version}' for pkg in pkg_resources.find_distributions(sys.argv[1]))))"
wheel==0.30.0

Le répertoire du site utilisateur sera passé à la ligne de code Python qui analysera le répertoire en utilisant la fonction pkg_resources.find_distributions (voir la section Obtenir ou Créer des Distributions dans la documentation) qui est la même que celle que pip utilise sous le capot, si je me souviens bien. J'ai ajouté un peu de formatage pour que vous puissiez ensuite passer la sortie au nouveau pip3.6

$ find ~/.local -type d -name "site-packages" | grep python3.5 | xargs python3.6 -c "import pkg_resources, sys; print(' '.join((f'{pkg.project_name}=={pkg.version}' for pkg in pkg_resources.find_distributions(sys.argv[1]))))" | xargs pip3.6 install --user

pkg_resources fait partie du package setuptools et devrait déjà être préinstallé (au moins c'est le cas lors de l'utilisation des installateurs depuis https://www.python.org/downloads/). Sinon, installez d'abord setuptools :

$ dnf install python3-setuptools