pip ne détecte pas les paquets installés par l'utilisateur après la mise à niveau du système Python ?

Cela devrait être assez facile à faire si vous avez encore Python 3.5 sous la main :

$ pip3.5 list --user --format=freeze | xargs pip3.6 install --user

réinstallera tous les paquets du site utilisateur pour Python 3.6. Les choses deviennent un peu plus compliquées lorsque l'ancienne installation de Python a disparu (donc pas de pip3.5 dans votre cas), mais rien que vous ne puissiez gérer. Tout d'abord, vérifiez que le site de l'utilisateur existe toujours afin d'avoir quelque chose sur quoi travailler :

$ find ~/.local -type d -name "site-packages" | grep python3.5
/Users/hoefling/.local/lib/python3.5/site-packages

Maintenant, utilisez pkg_resources pour lister les distributions disponibles dans ce site utilisateur :

$ find ~/.local -type d -name "site-packages" | grep python3.5 | xargs python3.6 -c "import pkg_resources, sys; print(' '.join((f'{pkg.project_name}=={pkg.version}' for pkg in pkg_resources.find_distributions(sys.argv[1]))))"
wheel==0.30.0

Le répertoire du site de l'utilisateur sera transmis à la ligne de code Python qui analysera le répertoire à l'aide de la fonction pkg_resources.find_distributions (voir Obtenir ou créer des distributions dans les docs) qui est le même que celui que pip utilise sous le capot, IIRC. J'ai juste ajouté un peu de formatage pour que vous puissiez ensuite passer la sortie à la nouvelle fonction pip3.6 dans la dernière itération de l'extension du one-liner. La phrase complète est :

$ find ~/.local -type d -name "site-packages" | grep python3.5 | xargs python3.6 -c "import pkg_resources, sys; print(' '.join((f'{pkg.project_name}=={pkg.version}' for pkg in pkg_resources.find_distributions(sys.argv[1]))))" | xargs pip3.6 install --user

pkg_resources fait partie de la setuptools et devrait être déjà préinstallé (du moins, c'est le cas lorsque l'on utilise les installateurs de la section https://www.Python.org/downloads/ ). Sinon, installez setuptools d'abord :

$ dnf install python3-setuptools