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SRA Toolkit Erreur lors de l'utilisation de prefetch

J'ai installé la boîte à outils SRA en utilisant ces commandes :

cd ~/Downloads

wget http://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/n/ncbi-vdb/libncbi-vdb2_2.9.3+dfsg-2_amd64.deb 
wget http://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/n/ncbi-vdb/libncbi-wvdb2_2.9.3+dfsg-2_amd64.deb 
wget http://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/s/sra-sdk/sra-toolkit_2.9.3+dfsg-1build2_amd64.deb

sudo apt-get install ./libncbi-vdb2_2.9.3+dfsg-2_amd64.deb 
sudo apt-get install ./libncbi-wvdb2_2.9.3+dfsg-2_amd64.deb

cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/preferences.d/pin-sra-libs 
Package: libncbi-vdb2 
Pin: version 2.9.3+dfsg-2 
Pin-Priority: 1337

Package: libncbi-wvdb2 
Pin: version 2.9.3+dfsg-2 
Pin-Priority: 1337 
EOF

sudo apt-get install ./sra-toolkit_2.9.3+dfsg-1build2_amd64.deb

Après l'installation, j'ai téléchargé un fichier SRA et lorsque j'ai essayé de télécharger un autre fichier SRA, l'erreur suivante s'est produite :

prefetch:` symbol lookup error: /lib/x86_64-linux-gnu/libncbi-vdb.so.2: undefined symbol: vdb_mbedtls_md_setup

Comment puis-je résoudre ce problème ?

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N0rbert Points 86925

On dirait que vous suivez ma réponse . Il a été écrit il y a 1,5 an. Quelque chose peut changer.

Selon https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/546 vous devez supprimer cette version de SRA installée localement en

sudo rm /etc/apt/preferences.d/pin-sra-libs
sudo apt-get purge --autoremove libncbi-vdb2 libncbi-wvdb2 sra-toolkit

et installez la dernière version depuis https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software à la place.

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