Sur mon ordinateur portable, le port USB 3.0 est physiquement très proche (~ 2 in) de l'assemblage du ventilateur :

Par conséquent, tout périphérique USB branché de ce côté a approximativement la même température que l'extérieur du ventilateur ( !).

Mon ordinateur portable est également un peu lent. Par conséquent, Windows 10 fonctionne considérablement plus chaud au ralenti qu'Ubuntu, et j'ai remarqué que les lecteurs flash semblent chauffer sous Windows également.

Vous pouvez également tester si c'est le cas pour vous en exécutant un programme très gourmand en ressources CPU dans Ubuntu (par exemple, une version à 4 cœurs) et en observant si un lecteur flash branché chauffe pendant ce temps.

Edit : Je viens de voir le commentaire de Justin. J'espère que cela fournit suffisamment d'informations pour être autonome.

Windows a ce truc où vous "pouvez utiliser des clés USB pour accélérer votre ordinateur". Pour ce faire, il utilise la mémoire inutilisée de la clé USB comme cache, réduisant ainsi les entrées/sorties du disque. Il est possible que cette activité supplémentaire soit à l'origine de l'excès de chaleur.

Il est possible de tester cela en tournant off cette option, et voir si le bâton devient toujours chaude

Il y a quelques possibilités ici.

• Windows dispose en effet d'un plus grand nombre de logiciels qui analysent automatiquement, vérifient l'intégrité, gèrent l'alimentation et utilisent généralement les clés USB. Cela peut entraîner une plus grande activité du disque sous Windows que sous Linux, en supposant une installation par défaut de chacun d'eux.
• Les pilotes Linux utilisent peut-être le disque comme un disque connecté à l'USB 2.x, alors que Windows a peut-être un pilote 3.x et qu'il s'agit peut-être d'un port 3.x. Cela augmenterait la vitesse d'utilisation et la chaleur.
• Windows suppose qu'une puissance est nécessaire sur le port USB pour un disque plus grand et fournit plus, même si c'est inutile, par le port. Plus précisément, le périphérique demande plus d'énergie au port que ce qui est nécessaire. C'est peu probable, mais peut se produire si le micrologiciel de la carte mère est permissif et que le logiciel pilote de la carte mère et/ou des périphériques concernés est bogué/ne fonctionne pas correctement. J'ai vu cela se produire avec des cartes mères plus anciennes et certains périphériques USB de marque différente. Cela peut également se produire si une extension USB ou un dongle est impliqué et que le câble est endommagé en interne, ou sur une connexion directe, la carte d'interface elle-même a des problèmes. En théorie, Windows 10 détecte ce problème et signale une surtension sur le port, en particulier si le câble est endommagé, mais il ne parvient pas toujours à désactiver le port lorsque cela se produit.
• Le logiciel antivirus de Windows peut effectuer des analyses du disque lorsqu'il n'est pas utilisé.

Selon l'OP, la différence de température se produit sur le même ordinateur portable, le même matériel, donc toute proximité de l'échappement de chaleur est sans conséquence.

La différence est probablement due à une gestion différente de la gestion de l'alimentation des liaisons (LPM). LPM est une version plus sophistiquée de la fonction USB SUSPEND. Les périphériques de stockage de masse USB 3.0 chauffent lorsque le contrôleur hôte USB désactive la fonction LPM (ou lorsque la fonction LPM n'est pas activée dans le périphérique USB, ce qui est mutuel). Apparemment, le système d'exploitation Windows a des difficultés à configurer le contrôleur xHCI pour exécuter LPM (ou le désactive), alors que Linux n'a aucun problème avec cela.

Pour vérifier la configuration de Windows pour LPM, ce lien pourrait être d'une certaine aide.

Une autre possibilité est une différence dans la façon dont Linux et Windows gèrent l'écriture sur un disque amovible. Par défaut, Windows force toutes les écritures à se produire dès que possible, au cas où vous retireriez le disque. Linux, en revanche, s'attend à ce que vous démontiez le disque avant de le retirer, et conserve donc un cache d'écriture en mémoire.

Il est donc possible que votre disque soit moins utilisé à un moment donné sous Linux, car les écritures seraient plus réparties, et même moins d'écritures pourraient être nécessaires (si vous modifiez un fichier qui n'a pas encore été écrit sur le disque).