BackTrack FastTrack's AutoPwn est bon pour les très vieux serveurs avec de très vieux paquets installés. Si vous avez un linux/Windows moderne et mis à jour, il ne trouvera rien. (J'aime bien Backtrack mais c'est un outil sérieux qui nécessite des connaissances approfondies en matière de sécurité et de pen testing).
Je vous recommande d'installer et de scanner votre serveur avec Nessus, il est assez puissant (même si la version gratuite n'a pas les dernières signatures de vulnérabilité) et peut non seulement scanner les ports ouverts et les logiciels vulnérables à distance, mais aussi se connecter au serveur avec des informations d'identification root et effectuer un audit local.
Ce n'est qu'un outil, il ne suffit pas à rendre votre serveur "sûr", mais avec, par exemple, les conseils de weeheavy, vous pouvez vous en rapprocher.
J'ajouterais également le suivi. Installez OSSEC ou son analogue (tripwire, etc.), vous voulez être averti si quelque chose de bizarre se passe sur le serveur en temps réel par email/sms/etc.