plusieurs applications dans nginx ; l'une est à la racine, l'autre pas

Un peu plus verbeux :

server {
  listen       8080;
  server_name  phpmyadmin;

  access_log  /var/log/nginx/phpmyadmin.access.log;
  error_log   /var/log/nginx/phpmyadmin.error_log warn;
  location ~ /phpmyadmin/.*\.php {
    root            /var/www;
    include         /etc/nginx/fastcgi_params;
    fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;
    fastcgi_pass    127.0.0.1:9000;
  }
  location /phpmyadmin/ {
    root   /var/www;
    index  index.php;
  }
  location = /phpmyadmin {
    rewrite ^ /phpmyadmin/index.php;
  }
  location / {
    return 403;
  }
}

Notez également le paramètre de la racine : il est relatif au chemin de la requête, et non à ce qui vient après. Ainsi, une requête de http://phpmyadmin/phpmyadmin/index.php fera en sorte que nginx essaie de trouver le fichier dans $root/phpmyadmin/index.php où $root est le chemin de la racine défini dans le bloc location.

Lieu d'utilisation :

location /phpmyadmin {
        root   /var/www/phpmyadmin;
        include /etc/nginx/fastcgi_params;
        keepalive_timeout 0;
        fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;
        fastcgi_pass    127.0.0.1:9000;
}