Une partition /boot séparée me permet de démarrer et de réparer mon système de fichiers racine, même si le système de fichiers racine est corrompu. Si je mets tous les fichiers de démarrage dans le système de fichiers racine, et qu'il est corrompu, il risque de ne pas démarrer du tout. Il y a aussi plus de flexibilité. Plus tard, je peux ajouter un deuxième disque, y mettre du swap, supprimer la partition de swap du disque racine et étendre le système de fichiers racine dans cet espace.
Créer une partition de swap dure au lieu de la mettre dans le système de fichiers, c'est juste de l'administration système de style UNIX. Il n'y a aucune raison réelle de ne pas en faire juste un fichier dans le système de fichiers, à part le fait qu'un utilisateur doté de pouvoirs sudo pourrait essayer de le supprimer.
Comme Babu et Mike l'ont dit, un /home séparé me permet de mettre à jour ou de changer de distribution sans perdre toutes mes données.