Il y a en fait trois problèmes :
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boot loader. -- Les chargeurs de démarrage peuvent être situés sur l'ESP du disque principal, sur l'ESP du disque secondaire ou sur des partitions non ESP de l'un ou l'autre disque. Officiellement, la spécification EFI permet au firmware de lancer un boot loader depuis n'importe quel ESP, mais en pratique, les emplacements non-ESP fonctionnent souvent si la partition en question utilise la FAT ou si vous avez installé un pilote approprié. rEFIt, rEFInd, et boot loader 2 peuvent rediriger le processus de démarrage vers des chargeurs de démarrage stockés sur d'autres ESP que l'ESP principal, bien qu'ils aient besoin de pilotes pour lire les partitions non-FAT (ou non HFS+ sur Mac). Certains chargeurs de démarrage, comme gummiboot, sont limités à la prise en charge de la partition à partir de laquelle ils ont été lancés, ce qui peut nécessiter de placer tous vos chargeurs de démarrage sur un seul ESP.
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Emplacement de l'installation du système d'exploitation -- Un chargeur de démarrage boot loader doit nécessairement prendre en charge le lancement d'un système d'exploitation résidant principalement sur une autre partition. En principe, il n'y a aucune raison pour que cette partition ne réside pas sur un autre disque physique, et je ne connais aucun obstacle pratique à cela. Ainsi, vous pouvez installer un boot loader sur l'ESP du disque primaire et le faire démarrer votre système d'exploitation principal à partir du disque secondaire.
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Emplacement du noyau -- Les chargeurs de démarrage Linux tels que Grub Legacy et Grub 2 peuvent charger des noyaux Linux à partir d'emplacements autres que l'ESP, et en principe cet autre emplacement peut être un disque physiquement séparé. En théorie, ELILO peut faire de même, mais je n'ai jamais réussi à le faire fonctionner. Un noyau configuré en tant que chargeur EFI doit soit être stocké sur un ESP, soit être chargé par un EFI moins pointilleux à ce sujet ou par un gestionnaire de démarrage comme rEFInd qui peut rediriger vers une autre partition ou un autre disque. Ainsi, votre noyau peut avoir besoin d'être stocké sur l'ESP du disque primaire dans certaines configurations. (Ubuntu utilise Grub 2 par défaut, de sorte qu'une installation Ubuntu standard est assez flexible à cet égard).
En fin de compte, il y a peu de limitations majeures, du moins en principe. Vous pouvez rencontrer quelques problèmes avec des implémentations de firmware boguées ou si vous utilisez certaines combinaisons de boot loader, mais vous devriez être en mesure de surmonter ces problèmes en plaçant correctement vos boot loader et les fichiers du noyau.