C'est une question intéressante à laquelle je ne suis pas certain de pouvoir répondre. Ce que je vois dans mon répertoire personnel, c'est un certain nombre de sous-répertoires cachés. Ces sous-répertoires cachés sont souvent associés à des configurations personnelles pour diverses applications et/ou à des applications que j'ai installées au niveau individuel et non au niveau du système.
Au fil des ans, j'ai constaté que ces sous-répertoires cachés étaient de plus en plus utilisés. Un rapide coup d'œil à ce qui se trouve dans mon répertoire personnel m'amène à penser qu'il n'existe pas nécessairement de points communs entre les distributions Linux. Cela dépend vraiment de l'application choisie. Par exemple, si j'utilise Banshee dans Fedora et Ubuntu, je m'attends à avoir des fichiers de configuration similaires.
Je ne suis pas certain que cette réponse ait réellement répondu à votre question. Une meilleure réponse serait peut-être la suivante : "Cela dépend".