Phoronix a effectué une série de tests et publié quelques articles sur les performances d'eCryptfs lors du chiffrement des répertoires personnels :
Ce que je retiens de ces articles, c'est que le chiffrement (comme prévu), selon les benchmarks, a un impact sur les performances de lecture et d'écriture dans une certaine mesure. Sur les petits processeurs (processeurs Atom) et sur les disques durs rapides (SSD), cela est peut-être plus perceptible. Cela dit, en utilisant eCryptfs, vous ne payez cette pénalité de performance que lorsque vous lisez/écrivez des données dans votre répertoire personnel (et non dans le reste du système, comme vous le feriez avec un chiffrement intégral du disque). En outre, avec des processeurs plus rapides, le temps passé à effectuer ce cryptage/décryptage est souvent compris dans le temps d'attente de l'E/S pour accéder aux données du disque, qui est généralement le goulot d'étranglement.
En ce qui concerne votre problème particulier, si vous entendez beaucoup de bruit de "recherche de disque dur", il me semble que votre système échange des données de la mémoire au disque, et vice-versa. Si vous avez choisi d'utiliser eCryptfs, Ubuntu cryptera automatiquement votre espace d'échange (ce qui est nécessaire pour sauvegarder vos données cryptées). Cependant, l'espace d'échange crypté est également très coûteux.
Personnellement, je surcharge mes systèmes avec beaucoup de RAM (8 Go sur la plupart de mes systèmes) et je désactive complètement le swap.