Ne copiez pas tous les fichiers/répertoires depuis /usr/share/applications
Il est en effet bon de pratique de copier un fichier .desktop localement avant de le modifier. C'est la procédure appropriée. Après l'avoir copié/modifié et vous être déconnecté/reconnecté, celui local prendra le dessus sur celui global.
Tous les fichiers dans /usr/share/applications ne sont pas forcément destinés à être exécutés directement par l'utilisateur. Certains fichiers ne sont peut-être même pas des fichiers .desktoptout depuis /usr/share/applications dans ~/.local/share/applications.
Il n'y a également aucune raison de copier tous les fichiers .desktop localement. Les fichiers locaux ne prendront le dessus sur les fichiers globaux que si le fichier local existe. Si le fichier local n'existe pas, le fichier global reste toujours "maître".
Y a-t-il un risque si je copie le contenu complet de /usr/share/applications dans ~/.local/share/applications?
Outre la création de doublons inutiles, copier tout depuis /usr/share/applications peut provoquer des conflits au démarrage de votre bureau. Je l'ai d'ailleurs fait une fois en tant qu'expérience (Unity), j'ai dû réparer les choses avec une clé usb de démarrage.
Conclusion:
Ne copiez que les fichiers .desktop globaux dans ~/.local/share/applications si vous avez une raison de le faire, et ne copiez (et ne modifiez) que les fichiers spécifiquement.
Si vous endommagez d'une façon ou d'une autre un fichier .desktop, l'application ne démarrera pas depuis le Dash ou vous constaterez des icônes en double dans le Dash, si vous ne parvenez pas à réparer, supprimez simplement le fichier .desktop local, déconnectez/reconnectez-vous et les choses seront comme avant.
