J'ai eu le même problème. J'utilise Lubuntu 11.10 et j'ai eu le même message d'erreur à chaque fois que j'ai voulu faire une mise à jour via le gestionnaire de mise à jour. De même lorsque j'ai voulu installer Adobe acroread.
Voici comment j'ai résolu le problème : Dans le gestionnaire de mise à jour, allez dans le coin inférieur gauche (je suis danois, j'espère que la traduction est correcte). Là, je suis allé dans Sources et j'ai regardé si vous aviez coché quelque chose avec CD. C'était OK. Ensuite, j'ai regardé dans "other software", et bonjour, il y avait quelque chose d'intéressant. Pourquoi y avait-il plusieurs lignes sur le CD : "Lubuntu 11.10 Ocelot onirique - Version amd64 (20111012) vérifiée ? J'ai décoché, j'ai dû entrer un mot de passe. J'ai fermé et je suis allé mettre à jour. Voalá ! La mise à jour a fonctionné. Et j'ai aussi pu installer mon Adobe Acroread !