J'ai rencontré le même problème. Un fichier contenant les pages impaires, un fichier contenant les pages paires d'un livre scanné. J'ai simplement utilisé la fonction intégrée de renommage par lots de Windows 7/8/8.1.
1) Diviser les pages de chaque pdf en fichiers séparés pour chaque page de sorte qu'un dossier contienne toutes les pages impaires sous forme de fichiers séparés et qu'un autre dossier contienne toutes les pages paires.
2) Renommer en masse les fichiers des deux dossiers de la même manière. Il suffit de sélectionner tous les fichiers de chaque dossier et de renommer le premier en a et appuyez sur la touche Entrée. Ce faisant, les fichiers de chacun des deux dossiers seront numérotés comme suit a(1),a(2),a(3)...
3) Dans le dossier contenant les pages impaires, copiez tous les fichiers et collez-les directement dans le même dossier. Ce faisant, il crée des copies des fichiers avec les pages impaires qui ressembleront à a(1) - Copie
4) Déplacez ces fichiers copiés dans le dossier contenant les fichiers pairs. Ils sont ainsi placés devant les fichiers de pages paires (pour autant que les fichiers soient triés par leur nom).
5) Fusionner les fichiers en un seul fichier en suivant simplement le nouveau schéma de dénomination.
Pour fusionner et diviser les fichiers pdf, j'ai utilisé pdfIll's Pdf Tools qui est disponible gratuitement.