J'ai toujours trouvé qu'Unison était très utile. Il dispose d'une interface basée sur le texte ou sur l'interface graphique, et d'un grand nombre d'options différentes pour l'adapter à ce que vous voulez (avec un peu de doigté). La première synchronisation prend un peu de temps, mais après, c'est génial. Vous pouvez faire en sorte que la synchronisation se fasse dans un seul sens, comme vous le souhaitez, mais elle se fait presque automatiquement. Il peut également supprimer des données de la sauvegarde ou non, selon votre choix.
Vous pouvez également rencontrer des problèmes avec les autorisations qui sont prises en charge dans le format de fichier ubuntu, mais peut-être pas dans le disque dur externe (selon que le disque dur externe sera ou non utilisé dans une machine Windows, cela peut être une bonne chose), de sorte que vous voudrez synchroniser sans les autorisations potentiellement.
Quoi qu'il en soit, ce qui est bien, c'est qu'avec le tutoriel, il est relativement simple de le configurer une fois, et par la suite, c'est une interface GUI quand vous voulez le faire.
Voici quelques informations à ce sujet : http://www.ubuntugeek.com/unison-file-synchronization-tool.html
Et voici le tutoriel : http://www.cis.upenn.edu/~bcpierce/unison/download/releases/stable/unison-manual.html#tutorial