Laissez-moi deviner, il s'agit du premier redémarrage après l'installation du service ? Si c'est le cas, le répertoire PID n'a pas été supprimé en tant que tel - le répertoire dans lequel se trouve le répertoire PID est un disque RAM, qui est effacé sans cérémonie à chaque démarrage.
Un init script conforme à Ubuntu est nécessaire pour créer tout répertoire sous /var/run dont il a besoin pour fonctionner. Puisque, vraisemblablement, l'init script du service que vous voulez lancer ne le fait pas, vous devrez le modifier vous-même. C'est (généralement) aussi simple que d'ajouter mkdir /var/run/nexus
au début du script d'init.