Comment dois-je organiser les services sur un système Active Directory à 3 serveurs ?

L'exécution de DHCP sur un DC n'est pas recommandée, mais le risque est moindre si vous suivez les étapes suivantes http://support.microsoft.com/kb/255134

Je fais la même chose, même si mon DHCP ne fonctionne pas sur un DC.

Je pense que votre configuration est bonne, sauf que j'apporterais les modifications mineures suivantes.

1. Web/Application (comme vous l'avez mentionné)
2. AD, DNS/WINS, DHCP
3. AD, DNS/WINS, DHCP

Si vous pouviez acheter des licences d'entreprise au lieu des licences standard (je suppose que c'est ce que vous utilisez), vous pourriez faire fonctionner jusqu'à 4 VM par socket physique, ce qui vous donnerait beaucoup plus de flexibilité. Même si vous ne pouviez faire tourner qu'un seul serveur physique en tant qu'hôte hyper-v, cela vous donnerait la possibilité de séparer votre VPN de vos autres affaires.