La principale raison d'être de cette convention de nommage des répertoires est de faciliter la gestion des fichiers de configuration. Qu'il s'agisse de rpm, deb ou autre, il est beaucoup plus facile (et probablement plus sûr) de pouvoir déposer un fichier dans un répertoire afin qu'il soit automatiquement inclus dans la configuration d'un programme plutôt que d'essayer d'éditer un fichier de configuration global.
Un bon exemple est logrotate. Dans le répertoire /etc/logrotate.d sont des fichiers de configuration pour pratiquement toutes les applications que vous avez installées et qui conservent un journal dans /var/log . Certains sont regroupés dans la configuration syslog car presque tous les systèmes ont un fichier messages, wtmp et lastlog. Mais si vous installez Apache sur votre système, vous avez besoin d'un moyen facile d'ajouter automatiquement la configuration pour faire tourner les journaux d'Apache, donc il suffit de déposer un fichier de configuration appelé httpd dans le répertoire /etc/logrotate.d et logrotate est configuré pour inclure les fichiers de ce répertoire. Chacun d'entre eux appartient au paquetage du démon et si vous supprimez le paquetage, le fichier sera supprimé. C'est en fait une façon de modulariser les fichiers de configuration. Notez que cela doit être supporté par le programme, ce n'est pas quelque chose d'automatique que le système fait pour vous ou quelque chose comme ça. En général, les programmes qui le font ont une directive de configuration appelée inclure qui précisent l'emplacement de ce répertoire sur le système de fichiers.
logrotate.d pourrait même être le premier endroit où cette convention a été utilisée en dehors de l'Union européenne. init.d y rc.d répertoires pour les scripts d'init scripts.