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kcm avatar

Comment corriger une erreur pour un ancien paquetage supprimé dans RStudio ?

Demandé el 25 de Novembre, 2016
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Résolu
Situation réelle de la question

Chaque fois que je démarre RStudio, j'obtiens le message d'erreur suivant, bien que j'aie supprimé le paquet en question :

Loading required package: GEOquery
Error in .requirePackage(package) : 
unable to find required package ‘GEOquery’
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
there is no package called ‘GEOquery’

Y a-t-il un moyen d'y remédier ?

En fait, je ne peux même pas voir mon dernier historique de travail qui était avant l'installation de ce paquet de GEOquery.

Demandé el 25 de Novembre, 2016 par kcm

Réponses

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user68186 avatar
user68186 Points 25067

Retirer GEOquery de la liste des paquets requis

À un moment donné, vous (ou quelqu'un d'autre) avez ajouté ce paquet comme "requis" dans le fichier .Rprofile.

Contexte :

Seuls les paquets de base sont chargés au démarrage. Cependant, vous pouvez choisir de charger des paquets supplémentaires en les ajoutant à votre .Rprofile que vous devez créer. Il s'agit simplement d'un fichier texte (appelé . Rprofile ) avec du code R stocké dans votre répertoire de travail initial (votre répertoire personnel à moins que vous ne le changiez). Le code que vous placez dans ce fichier sera exécuté au démarrage. Par exemple, vous pouvez inclure le code suivant pour charger un paquetage appelé GEOquery :

library(GEOquery)

ou

require(GEOquery)

Comment supprimer l'exigence

  1. Déterminer le répertoire de travail de RStudio. Il peut s'agir de votre /home/<userid> ou un autre dossier.
  2. Trouvez le fichier .Rprofile. Notez le point devant. Il s'agit d'un fichier caché. En Nautilus presse Ctrl + H pour supprimer les fichiers cachés.
  3. Double-cliquez sur l'icône .Rprofile pour l'ouvrir dans gedit . Retirer la ligne avec GEOqury .

Source : https://stackoverflow.com/questions/10300769/how-to-load-packages-in-r-automatically

J'espère que cela vous aidera

Répondu el 11 de Janvier, 2017 par user68186 (25067 Points )

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Dieter avatar
Dieter Points 1

Je ressuscite ce vieux post pour les personnes qui se sont retrouvées ici comme moi mais la solution fournie n'était pas suffisante.

J'ai eu le même problème pour un autre paquetage R, mais ce paquetage n'était pas un paquetage requis dans ma liste. .Rprofile . Il s'est avéré que j'avais précédemment produit et enregistré un objet dans mon environnement à l'aide du package removed. Le chargement de R ou l'installation de paquets ayant une dépendance similaire produirait le même message.

Loading required package: xxx
Error in .requirePackage(package) : 
unable to find required package ‘xxx’
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
there is no package called ‘xxx’

Ma solution a consisté à trouver l'objet dans l'environnement et à le supprimer par rm(xxx) . Problème résolu !

Répondu el 18 de Novembre, 2020 par Dieter (1 Points )

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