J'utilise actuellement Ubuntu 18.04, mais j'avais le même problème avec 16.04.
Situation actuelle : Si un programme est exécuté en arrière-plan par un autre utilisateur et qu'il émet un son, le son est joué quel que soit l'utilisateur qui utilise activement l'ordinateur.
Comportement souhaité : Seuls les programmes de l'utilisateur actif jouent du son.
pulseaudio --dump-conf indique system-instance=no et local-server-type=user. Je ne sais pas quels journaux/configs seraient utiles pour résoudre ce problème. Je ne sais même pas s'il s'agit d'un problème pulseaudio ou alsa, puisque Ubuntu utilise apparemment les deux.