En effet, la plupart des utilisateurs se connectent au port FTP standard sans utiliser le protocole SSL, et même s'ils le font, il s'agit le plus souvent d'un protocole auto-signé, et il est très facile d'intercepter ce type de trafic, ce qui signifie que votre mot de passe racine peut être trouvé très facilement si aucun cryptage n'est utilisé, car il est envoyé en texte clair.
Si vous avez vraiment besoin d'utiliser la racine pour transférer des fichiers, utilisez SFTP, qui fonctionne via SSH et est plus sûr que FTP, et utilisez les clés SSH pour la connexion, au lieu de l'authentification par mot de passe.
Si vous autorisez l'utilisateur root à se connecter en SSH à votre serveur, vous pouvez utiliser n'importe quel client SFTP et vous connecter au port SSH avec l'identifiant root.
Certains clients SFTP sont WinSCP y Tunnelier qui vous offre un gestionnaire de fichiers par glisser-déposer pour transférer des fichiers via SFTP