Bonjour, j'ai besoin de filtrer les lignes qui sont supérieures et égales à 85%.
J'ai besoin de filtrer en fonction de Forward : Ligne de score et fin du pourcentage de cette ligne.
Exemple de fichier :
Scores for this hit:
>ocu-miR-191-5p NC_013669.1 181.00 -24.77 2 22 123304956 123304978 20 85.00% 85.00%
Forward: Score: 181.000000 Q:2 to 22 R:190316850 to 190316872 Align Len (20) (85.00%) (85.00%)
Query: 3' gtCGACGAAAACCCTAAGGCAAc 5'
|||||| | ||| |||||||
Ref: 5' gtGCTGCTATAGGGTTTCCGTTc 3'
Energy: -24.910000 kCal/Mol
Scores for this hit:
>ocu-miR-191-5p NC_013669.1 175.00 -23.66 2 21 163478767 163478790 20 85.00% 85.00%
Forward: Score: 173.000000 Q:2 to 22 R:1340814 to 1340836 Align Len (20) (80.00%) (80.00%)
Query: 3' gtCGACGAAAACCCTAAGGCAAc 5'
||||| | ||| |||||||
Ref: 5' caGCTGCCTGCGGGCTTCCGTTa 3'
Energy: -27.510000 kCal/Mol
En résultat devrait se présenter comme suit :
>ocu-miR-191-5p NC_013669.1 181.00 -24.77 2 22 123304956 123304978 20 85.00% 85.00%
Forward: Score: 181.000000 Q:2 to 22 R:190316850 to 190316872 Align Len (20) (85.00%) (85.00%)
Query: 3' gtCGACGAAAACCCTAAGGCAAc 5'
|||||| | ||| |||||||
Ref: 5' gtGCTGCTATAGGGTTTCCGTTc 3'
Energy: -24.910000 kCal/Mol
J'ai essayé ces commandes,
awk '{if($14>=85)print$_}' < output.txt
awk '$14 >= 85' output.txt
awk - F%) '$14 >= 85' output.txt
J'ai cherché sur ce site des questions comme la mienne mais elles n'ont pas résolu mon problème. Les lignes de commande que j'ai essayées ont aussi pris l'autre ligne parce que la ligne contenait aussi le score de 85%. . Pourriez-vous m'aider ? Je viens de commencer à utiliser ubuntu, je ne m'y connais pas très bien...