Migrer vers Natty (ou toute autre version future d'ubuntu)

Comment enregistrer les fichiers de configuration de certaines applications comme par exemple Thunderbird, Firefox?

Pour sauvegarder les données de vos applications, vous devez chercher dans votre dossier personnel les dossiers commençant par . (cachés, appuyez sur CONTROL + H pour les voir). Par exemple, Firefox (et d'autres applications Mozilla) enregistre vos données personnelles dans un dossier nommé .mozilla. Thunderbird le fait en utilisant un dossier nommé .thunderbird.
D'autres, tels que Google Chrome/Chromium par exemple, utilisent le dossier .config, ayant un sous-dossier. (par ex. .config/google-chrome)

Pour sauvegarder ces paramètres, il suffit de copier les dossiers désirés, il suffit de se rappeler où ils étaient avant de les coller de retour.

Lorsque vous copiez un dossier d'application, vous copiez TOUS ses préférences, historiques, bases de données, etc., donc vos favoris, extensions et autres données personnelles sont sauvegardés.

J'ai des applications comme MATLAB et Maple (Basé sur JAVA) installées.
Quand je migre, puis-je simplement copier le dossier d'installation complet vers la
nouvelle version d'Ubuntu?

Oui, vous pouvez le faire, mais seulement avec des applications qui ont été entièrement installées dans ce répertoire. Certaines applications installent l'application principale dans votre dossier personnel, mais certaines bibliothèques, ou fichiers multimédias (comme des icônes) dans d'autres dossiers. Faites attention à cela, le mieux est de réinstaller, mais vous pouvez les utiliser.

*vous devriez également vérifier la compatibilité, mais elles devraient fonctionner correctement

Quels dossiers devraient être sauvegardés lors d'une sauvegarde?

Le dossier le plus important est /etc, principalement parce que vous avez peut-être modifié quelques fichiers, comme la configuration Samba, la configuration du serveur SSH, le fichier hosts, et d'autres configurations que vous avez également peut-être modifiées sans le savoir et qu'il serait préférable de conserver plutôt que de revenir aux paramètres par défaut (comme les préférences de mises à jour, etc.)

D'autres dossiers dépendent de ce que vous avez installé et/ou modifié (par exemple, XAMPP est installé dans le répertoire /opt, et les fichiers de configuration résident dans son propre dossier)

J'ai BURG installé. Comment puis-je en faire une sauvegarde?

Je ne suis pas sûr exactement, je suppose que vous pouvez simplement sauvegarder les thèmes installés (s'il y en a). Réinstallez-les dans la nouvelle installation d'Ubuntu et restaurez-les. Mais encore une fois, tout dépend de ce que vous avez modifié.

Lorsque je fais une installation propre d'ubuntu, est-ce que GRUB (chargeur de démarrage)
sera supprimé et mettra en péril mon installation Windows de quelque manière que ce soit?

Non, GRUB n'est jamais supprimé, il peut être mis à niveau, mais cela n'affectera en rien votre installation Windows. De plus, n'oubliez pas que vous avez BURG, qui modifie le comportement de GRUB

Comment puis-je sauvegarder tous mes PPA et seront-ils compatibles avec la nouvelle
version d'ubuntu lorsque je les restaure?

La seule façon que je connaisse de le faire est de sauvegarder manuellement tous vos .list situés dans /etc/apt

Vous devriez copier le sources.list et tous les fichiers situés dans /etc/apt/sources.list.d/

J'espère avoir répondu à toutes vos questions. ;)