1) Oui, il est possible d'y accéder depuis Liunx. Comme d'autres l'ont expliqué, ntfs-3g est capable de gérer les ntfs compressés.
2) fiabilité : la compression est présente dans ntfs depuis longtemps (depuis Windows NT, cf. http://www.ntfs.com/ntfs-compressed.htm ). Je ne vois pas de problèmes de fiabilité sous Windows. Je ne suis pas aussi sûr des implémentations non-Windows (par exemple linux). Si votre seule préoccupation est de lire les données sous linux, cela ne pose aucun problème de fiabilité (le montage en lecture seule est de toute façon une bonne idée lors de la restauration de sauvegardes).
Les données sont également compressées au niveau de la grappe qui est généralement de 4 ko. Une corruption physique du disque n'affecte que les clusters individuels, pas les fichiers entiers. À cet égard, les fichiers NTFS compressés devraient être tout aussi fiables que les fichiers non compressés.
3) Performance : L'article de la KB que vous citez indique que les performances peuvent être affectées sur une période de trois ans. serveur où l'unité centrale est déjà saturée. Sur un système de bureau avec un CPU actuel tel que vous le décrivez, l'utilisation de ntfs compressés pour les sauvegardes, ne devrait pas avoir d'impact significatif sur les performances. Au contraire, si vous stockez des données compressibles, vous pouvez en fait gagner en performance car vous avez moins d'entrées/sorties. Cela est particulièrement vrai si l'interface (USB 2.0) est lente par rapport au CPU. Je suppose que votre CPU devrait facilement être capable de saturer une liaison USB 2.0 en écrivant ou en lisant des fichiers ntfs compressés.
4) Si vous définissez l'indicateur de compression pour l'ensemble du système de fichiers, vous ne devriez pas avoir le problème des fichiers déplacés non compressés.