Je trouve cette question sur Stack Overflow. L'OP donne quelques possibilités :
En modifiant /etc/dbus-1/system.d/skype.conf ou /etc/dbus-1/system.conf
En ajoutant une nouvelle entrée dans le gconf (mais Skype n'y est pas répertorié)
En ajoutant une API publique Skype (mais alors les utilisateurs ne devraient pas pouvoir la supprimer)
Malheureusement, la possibilité d'utiliser un client alternatif pour Skype prenant en charge cette fonctionnalité n'est plus disponible, puisque Microsoft a abandonné SkypeKit.