Une façon de résoudre ce problème est de désactiver pulseaudio.
(notez que pulseaudio n'est généralement pas nécessaire pour obtenir du son, car presque tous les logiciels Linux peuvent utiliser alsa si pulseaudio n'est pas actif. L'exception est Skype qui a besoin de pulseaudio.
Le principal problème est que vous devez installer et utiliser gnome-alsamixer pour définir le volume au lieu de l'applet de volume standard.
Un autre problème est que vous perdrez la commutation automatique entre le périphérique usb et la carte son interne que permet pulseaudio)
Donc, pour désactiver pulseaudio de manière facilement réversible, exécutez successivement ces 3 commandes dans un terminal :
mkdir ~/.pulse
echo autospawn=no > ~/.pulse/client.conf
pulseaudio -k
ensuite redémarrez (la déconnexion pourrait suffire) et testez.
Si vous voulez pulseaudio de nouveau, exécutez simplement dans un terminal : pulseaudio -D
Exécutez également
echo autospawn=yes > ~/.pulse/client.conf
si vous voulez que pulseaudio se lance automatiquement au prochain redémarrage ou connexion.
EDIT : Exécuter pulseaudio en mode daemon est également possible, voir ceci