Je crois que mysqldump est mieux utilisé sur des serveurs où vous n'allez pas perturber le trafic. Sur les tables myisam, cela crée un verrou en lecture. Je sais que vous avez dit que vous utilisez innodb cependant, donc il existe quelques solutions disponibles.
Je commencerais par consulter cet outil. http://www.percona.com/software/percona-xtrabackup/ Les gars de Percona sont considérés comme des experts en mysql et c'est l'un de leurs outils pour effectuer une 'sauvegarde à chaud' des tables innodb. Cela signifie que vous pouvez l'exécuter même lorsque votre base de données est en cours d'utilisation. Pour ma part, je n'ai pas encore d'expérience avec cet outil.
Le site sur lequel je travaille actuellement a des centaines d'utilisateurs simultanés et pour réaliser des sauvegardes fiables, nous devons d'abord mettre en place la réplication vers un esclave. Ensuite, nous lançons mysqldump sur l'esclave, ce qui n'affecte pas les performances du serveur principal. En savoir plus sur la réplication ici : http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/replication.html
Je pense que l'idée est que vous voulez effectuer des sauvegardes environ une fois par jour en utilisant une méthode très fiable comme mysqldump. Entre-temps, vous avez un maître et un esclave qui se répliquent et produisent des journaux binaires. Les journaux binaires peuvent être utilisés pour effectuer de petites mises à jour. Selon mon expérience, les outils de sauvegarde à chaud ont tendance à bloquer une opération ou une autre, ce qui peut causer une mauvaise expérience à un utilisateur.