https://help.ubuntu.com/community/ManyButtonsMouseHowto#Remapping%20buttons documente comment remapper les boutons d'une souris. Pour citer :
Certains périphériques de pointage ont un mapping de boutons étrange, donc ils nécessitent quelques ajustements pour correspondre à la perception de X. Ces ajustements peuvent être effectués en temps réel avec xinput - trouvez votre appareil dans la liste xinput et exécutez xinput set-button-map 1 2 3 6 7, en remplaçant ces numéros par votre mapping de boutons requis. Vous pourriez pouvoir le trouver en cherchant d'autres personnes avec le même matériel, ou vous pourriez avoir besoin d'essayer différentes combinaisons pour voir ce qui fonctionne.
Voici l'explication de la page de manuel xinput(1) de l'option --set-button-map :
--set-button-map appareil map_bouton_1 [map_bouton_2 [...]]
Change le mapping des boutons de l'appareil. Les boutons sont spécifiés dans l'ordre physique (en commençant par le bouton 1) et sont associés au bouton logique fourni. 0 désactive un bouton. Le mapping par défaut des boutons pour un appareil est 1 2 3 4 5 6, etc.
Cela devrait vous permettre de remapper le bouton central de la souris afin qu'il soit correctement détecté comme le bouton central de la souris.