Absolument, vous pouvez le faire. Beaucoup de Des entreprises du monde entier font tourner une partie (parfois la totalité) de leur infrastructure commerciale sur des distributions Linux. En ce sens, Ubuntu n'est pas différente de Red Hat, Debian, SUSE et les autres.
Le fait que le noyau et de nombreux composants du système soient sous licence GPL ne signifie en aucun cas que le code que vous exécutez par-dessus doit également être un logiciel libre ou open source. Une simple recherche de logiciels commerciaux et de services web commerciaux fonctionnant sous Linux le prouvera rapidement.
Un exemple simple serait celui de Google. La quasi-totalité de son infrastructure de serveurs fonctionne sous Linux, mais il est clair que cela ne l'a pas forcé à donner le code de son logiciel d'indexation du Web, ou de Gmail, ou de G+ (sans parler de toute la plateforme Android qui fonctionne sous Linux).
Pour ce qui est d'être suffisamment sûr pour convaincre votre département juridique qu'il est possible d'utiliser Ubuntu Server, vous pouvez envisager d'acheter un contrat de support Ubuntu Advantage auprès de Canonical. Ils (ok, nous) incluent une indemnisation légale avec chaque contrat de support. Veuillez voir :
http://www.canonical.com/enterprise-services/ubuntu-advantage/assurance-terms
http://www.canonical.com/enterprise-services/ubuntu-advantage/overview
Aussi : Je n'ai pas mentionné EC2 spécifiquement parce qu'il n'y a aucune raison de penser que l'hébergement sur EC2 serait différent de l'exécution "en interne" d'un point de vue juridique.
Aussi, aussi : Dans le cas d'Android, laissez-moi clarifier. Les modifications apportées par Android au noyau Linux sont sous licence GPL, mais le reste de la plate-forme est sous une licence très permissive de type Apache, et il est évident qu'un grand nombre de sociétés vendent des logiciels payants à code fermé qui fonctionnent dessus.