J'ai mis en place un simple conteneur docker avec Alpine et un outil appelé bowtie2. Lorsque j'essaie d'exécuter bowtie2-align-s j'obtiens cette erreur :
sh: ./bowtie2-align-s: not foundCependant, ls me dit que le fichier est là. J'ai installé bowtie2 à partir d'une distribution binaire Linux. Comment puis-je savoir si cette distribution est compatible avec Alpine Linux ? J'exécute docker 17.09.0-ce sur Ubuntu 16.04.
Voici le fichier Docker complet :
FROM alpine:3.6
ENV BOWTIE2_VERSION 2.2.8
RUN apk add --no-cache \
perl \
wget \
openssl \
ca-certificates \
strace \
&& wget https://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/$BOWTIE2_VERSION/bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
&& unzip -d /usr/local bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
&& rm bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zipJe le teste comme ceci :
$ sudo docker run -it --rm --security-opt seccomp:unconfined bowtie2-bin sh
/ # /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s --version
sh: /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s: not found
/ # ls -l /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s
-rwxr-xr-x 1 root root 11600541 Nov 15 18:49 /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s
/ # strace -v -s 1000 /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s --version
execve("/usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s", ["/usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s", "--version"], ["HOSTNAME=a72609479c9a", "SHLVL=1", "HOME=/root", "TERM=xterm", "PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin", "BOWTIE2_VERSION=2.2.8", "PWD=/"]) = -1 ENOENT (No such file or directory)
writev(2, [{iov_base="strace: exec: No such file or directory", iov_len=39}, {iov_base="\n", iov_len=1}], 2strace: exec: No such file or directory
) = 40
writev(2, [{iov_base="", iov_len=0}, {iov_base=NULL, iov_len=0}], 2) = 0
getpid() = 11
exit_group(1) = ?
+++ exited with 1 +++
/ #Je lance Docker avec un accès non limité pour permettre strace pour courir. Vous pouvez voir que ls trouve le fichier, mais sh ne semble pas le faire. strace ne semble pas montrer d'autres fichiers en cours d'accès, alors que se passe-t-il ?
